保稅倉儲區別于一般倉儲之處在于保稅倉儲的監管力度要大得多。貨物在倉庫中的全周期需要能夠實時掌握，因此報稅倉儲的管理信息系統要求也高很多。庫存信息化通過庫存物品的入庫、出庫、移動和盤點等操作對企業的物流進行全面的控制和管理，能夠降低庫存，減少資金占用，杜絕物料積壓與短缺現象，提高服務水平，保證生產經營活動的順利進行。
1.保稅區倉庫出租，貨物保稅倉儲：保稅區接收出口和境外入區貨物倉儲，除國家禁止進出口的商品外，園區內可保稅儲存各種貿易方式的進出口貨物及其他未辦結海關手續的 貨物。國外貨物進入保稅區倉儲，關稅豁免，可以在保稅區進行倉儲、貼標等。也可以分批一般貿易報關進口到國內。
2.保稅區開展貨物包裝、換包裝、流通性簡單加工：園區物流企業可以對所存貨物開展不改變貨物物理性質的流通性簡單加工和臨港增值服務；保稅區內集中采購貨物，對貨物進行分揀包裝、組合包裝、打膜、加刷碼、刷貼標志、改換包裝、拼裝、拆拼箱等具有商業增值的輔助性作業。例如印刷圖書出口到保稅區進行包裝，分揀再集中出口到國外； 國外過境貨物進入保稅區、包裝材料從國內采購出口到保稅區進行包裝分揀再出到國外，這樣可以大大節省貨物存在香港的倉庫成本和人工成本；
3.國際采購貿易和國際配送：根據需求面向國內外兩個市場進行全球采購和國際分撥、配送、深度分銷等。 例如沃爾瑪零售店國際采購貨物暫存保稅區倉儲、分揀再配送到全國沃爾瑪零售店；美國采購的進口潤滑油到保稅區進行分裝、貼標再部分一般貿易進口到國內，部分出口到第三方國家（出到第三方國家部分貨物在保稅區關稅豁免）。
4.國際轉口貿易（主要是保稅區倉儲、分揀貼標、包裝）：對國內、國外集裝箱貨物（包括來自不同國家、地區的）進行快速拆拼、集運、轉運至境內外其他目的港。同時，可開展轉口貿易為核心的服務貿易活動，代收付匯，提升口岸功能。
